Nacque a Roma nel 1519. Figlio di Pier Luigi e di Girolama Orsini dei duchi di Parma e Piacenza. Portava lo stesso nome di suo zio papa Paolo III (1534-49) per cui si potrebbe chiamare anche Alessandro II Farnese. Studiò con eccellente profitto a Bologna e a soli 14 anni venne eletto amministratore della Chiesa di Parma. Per spianargli la carriera, suo zio Papa, appena eletto il 18-12-1534, lo elesse cardinal diacono di S. Angelo a soli 15 anni di età. Fin da giovane dimostrò attitudini per le lettere, tanto che in seguito si disse che lui non ebbe onori dalla porpora, ma bensì la porpora da lui. In mezzo secolo di cardinalato ebbe a svolgere ed assolvere egregiamente molti e svariati incarichi. Fu a capo di molte delegazioni, ebbe amministrazioni di importanti vescovati e nella sua qualità di cardinal nipote si trovò in mezzo a quasi tutti gli affari di stato. Nulla, però, gl’impedì di interessarsi delle lettere, dei letterati, degli scienziati e delle arti. Nel 1547, quando Paolo III trasferì il Concilio da Trento a Bologna, Carlo V irritato, come lo erano tutti i cardinali tedeschi, tolse il ducato di Parma e Piacenza a Pier Luigi Farnese, padre del card. Alessandro, che muore tragicamente per mano degli scontenti. La morte di Pier Luigi rattristò fortemente il già vecchio Paolo III. Fu vescovo di Frascati, scrive il Moroni, dal 1565 al 1578. Nel 1566, con la sua autorizzazione, venne aperto a Frascati il «Monte di Pietà», per aiutare i poveri a superare momenti critici, senza disfarsi definitivamente dei gioielli e beni mobili. Tale Monte di Pietà è stato in vigore fino alla 2° Guerra Mondiale. L’andamento dell’amministrazione di detto «Monte» era sotto la scrupolosa vigilanza dei vescovi protempore. Donò diversi arredi sacri alla cattedrale. Sempre nel 1568 fece iniziare la costruzione di quel gioiello che è la Chiesa del Gesù a Roma. Certo che a causa delle sue molteplici attività non gli fu possibile curare le cose spirituali e per queste dovette servirsi dei vescovi ausiliari. Usava far raccogliere da persone distinte, in ogni parrocchia, elemosine per distribuirle, poi, ai poveri. Fondò chiese, collegi, orfanotrofi, conservatori per le vedove e le vergini. Aprì case per poveri, diseredati, stranieri e per tutti coloro che avessero avuto necessità dell’amore cristiano. Si può dire che fu lo scopritore «dell’Accoglienza». Fu di animo generoso, pietoso e liberale. Fu protettore dei regni di Sicilia, Aragona, Portogallo, Polonia, Germania, della Repubblica di Genova e di Ragusa, nonché dell’ordine dei Benedettini. Divenne decano del Sacro Collegio e morì a Roma il 2 marzo 1589. Fu sepolto nella Chiesa del Gesù. Al suo funerale parteciparono ben 42 cardinali. Cosa mai avvenuta in passato. L’Oldoino ne parla all’anno 1534.